Main project: Dynamics analyzer (BiostICS)

Istruzioni BiostICS

Se BiostiICS non riesce a partire elimina tutti i file BIOSTICSSETTING.M che trovi all’interno delle cartelle (anche dove hai installato BiostICS).

Gli input del programma sono:

• frame time: tempo di esposizione di una singola foto al tirf (tempo di scansione singolo frame)
• pixel size in micrometri
• tempo globale massimo di misura dell’autocorrelazione (lascialo pure 300 secondi). Questo tempo non viene tenuto in considerazione se è minore uguale al tempo dello stack sezionato mezzi.
• risoluzione radiale in micron
• gamma per la risoluzione assiale
• numero di ultimi frames per calcolare la frazione immobile attraverso il metodo che ho usato nella tesi. 200 frames è un buon valore (ci sarà una finestra in cui si evidenzierà la parte relativa a questo intervallo di tao sul tICS in giallo).
• diffusione 3d o 2d sceglie le funzioni di autocorrelazione da usare per fittare gli stics
• stICS 1componente – frazione immobile: fa lo stics monocomponente sulla funzione di autocorrelazione a cui si è sottratto la funzione di autocorrelazione in un intorno di 5 secondi (un intorno per mediare il rumore). i parametri per questa modalità te li chiede più avanti se chiedi di fare l’analisi (1=fai l’analisi 0=no). Se scegli di fare l’analisi alla prossima finestra ti chiede il tempo a cui rimuovere la frazione immobile, e l’ultimo tempo tao a cui fittare l’autocorrelazione. è ragionevole scegliere il primo tempo il doppio del secondo.

Il caricamento dell’immagine è piuttosto lento ma è un limite di MATLAB. Ho provato diversi modi per velocizzarlo ma non c’è niente da fare.

Come dice il software, l’ho programmato per ammettere matrici rettangolari con rapporto tra i lati fino a 1×5. Se non è un rettangolo perfetto 1:2 1:3 1:4 1:5 il software, in automatico, prende la sottomatrice a sinistra più grande che riesce a trovare (considerando il lato più corto 1).

Creazione del sottostack:

Se premi no prende tutto lo stack. Se premi si procedi in questo modo aspettando che nella finestra in alto compaia la frase: “seleziona inizio e fine del sottostack“:

1. seleziona con il mouse il punto da cui vuoi INIZIO a fare il sezionamento
2. dopo che è uscita un’etichetta con le relative coordinate del punto di INIZIO vai sulla finestra nera e digita 1 e poi fai invio
3. dovrebbe comparire la coordinata con mininter= numero : vuol dire tutto ok!
4. ritorna sulla figura e seleziona il punto finale del tuo sottostack
5. ritorni sulla console e digiti 1 e poi invio

Correzione bleaching:
Corregge il bleaching con la formula scritta nella tesi. Se l’intensità media è corretta decidi di accettare la correzione. L’alternativa è quella di scartare la correzione e continua con i punti blu che rappresentano l’intensità media del campione.

Rimozione frazione immobile

A questo punto fa i conti e ti chiede di rimuovere la frazione immobile: in giallo hai evidenziato i frames che medierai per creare la frazione immobile fittizia, a destra, nella figura, l’autocorrelazione della frazione immobile qui calcolata per un tempo > del tempo che hai deciso nella prima finestra “numero di ultimi frames per calcolare la frazione immobile”. Se decidi di scegliere questa rimozione della frazione immobile premi C.

La rimozione della frazione immobile attraverso Wiseman crea alcuni artefatti e la calcola annullando la DC facendo la FFT.

“No” non rimuove la frazione immobile

Visualizzazione ed esportazione tICS

A questo punto disegna la fcs e la stics e nel grafico in basso a sinistra ti fa vedere la posizione del massimo della autocorrelazione.

Nella immagine successiva vedi il massimo della autocorrelazione e il valore in G(0,0) e ti scrive il tempo che ci mette il massimo dell’autocorrelazione ad uscire da una PSF. Nella tesi abbiamo scelto quel valore come ultimo tao per il tICS.

Quante componenti ci sono? = vuoi fare lo stICS 1componente?

Questa domanda ti chiede in sostanza se vuoi fittare lo stICS monocomponente con una gaussiana o se ci sono più componenti salta il passaggio.

Il codice a questo punto ti chiede fino a che tempo vuoi fittare lo stICS (è computazionalmente un po’ pesante…e lento), ti suggerisce il tempo a cui è uscito dalla PSF. Vedrai che in molti casi l‘R^2, che vedi in console, è molto basso. Se non sei interessata allo stics monocomponente puoi dire che ci sono due componenti alla prima domanda o accorci il tempo in cui vuoi fare lo stICS tipo 10s.

Nel grafico riepilogativo finale puoi vedere lo stICS a diversi tao i residui sotto la varianza nel tempo (iMSD) e la ampiezza di autocorrelazione vs quella dello stICS l’rquadro la posizione.

stICS 1componente – frazione immobile

A questo punto il codice esegue nuovamente lo stics 1 componente però sottraendo una nuova Ginfinito calcolata nell’intorno definito da utente nella seconda schermata. Il codice mostra il grafico dell’ampiezza diviso la varianza che è sinonimo di binding.

Quando senti l’uovo che si rompe ha finito (scusami ma ci sono solo suoni terribili nella libreria di matlab)

chiusura del programma

Per chiudere tutte le finestre in un passaggio chiudi il programma
Dovrebbe aver salvato tutti i parametri che hai dato nel file biosticsettings così che non devi ogni volta modificare tutti i parametri.
Se qualcosa non va inviami il log.txt via mail a simone.civita@gmail.com

Export

Il codice crea diversi file e figure raccolte in cartelle con il nome del tif. Trovi al cartella a fianco al .tif che hai analizzato.

Non tutti vengono esportati e calcolati nella versione .exe. In grassetto quelli che sono sempre esportati.